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インボイス制度と消費税 | 免税事業者はどう考えればいいか

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消費税の基本的な仕組み

消費税は、事業者が売上とともに預かった消費税から、仕入れや経費で支払った消費税を差し引いて、その差額を国に納める仕組みです。この差し引きのことを仕入税額控除と呼びます。

ここで大事なのは、消費税は事業者の利益から出ていくお金ではなく、預かって納めるお金だという点です。売上に含まれていた消費税を自分の収入として使ってしまうと、納付の時期に手元にお金がない、という事態になります。

免税事業者と課税事業者

すべての事業者が消費税を納めるわけではありません。基準期間(原則として2年前)の課税売上高が1,000万円以下であれば、消費税の納税義務が免除されます。これが免税事業者です。

売上が1,000万円を超えると、原則として2年後から課税事業者になります。ただし、基準期間の課税売上高が1,000万円以下でも、特定期間(個人事業者は前年の1月1日から6月30日まで)の課税売上高が1,000万円を超える場合には、納税義務は免除されません(国税庁 No.6501)。開業してすぐの個人事業主の多くは、この基準によって免税事業者からスタートすることになります。

区分消費税の扱い
免税事業者消費税の申告・納付が不要
課税事業者消費税を計算して申告・納付する

インボイス制度で何が変わったか

2023年10月に始まったインボイス制度(適格請求書等保存方式)によって、この関係に変化が生まれました。

変わったのは、買い手側が仕入税額控除を受けるための条件です。制度開始後は、原則として「適格請求書(インボイス)」の保存が必要になりました。そして、このインボイスを発行できるのは、税務署に登録した適格請求書発行事業者だけです。

ここが免税事業者にとっての難しい点になります。適格請求書発行事業者として登録すると、売上規模にかかわらず課税事業者になります。つまり、登録すれば消費税の納税義務が発生し、登録しなければ取引先が仕入税額控除を受けられなくなる、という構図です。

取引先によって影響が変わる 取引先が課税事業者(企業など)である場合は影響を受けますが、取引先が一般消費者や免税事業者である場合、そもそも仕入税額控除が関係しないため、登録しなくても実質的な影響は生じにくくなります。

登録するかどうかの判断材料

登録すべきかどうかは、事業の内容によって答えが変わります。次の観点で整理してみてください。

一般消費者を相手にする事業(小売、飲食、個人向けサービスなど)であれば、登録しないという判断も十分に成り立ちます。一方、企業から仕事を受けている場合は、取引先の意向を確認しておく必要があります。

なお、取引先が一方的に報酬を引き下げたり、登録しないことを理由に取引を停止したりする行為は、独占禁止法や下請法上の問題になり得るとされています。相談があった場合は冷静に話し合うべき事柄です。

負担を和らげる経過措置

免税事業者から課税事業者になった場合の負担を和らげるため、いくつかの経過措置が設けられています。

2割特例

免税事業者からインボイス発行事業者になった場合、納付税額を売上にかかる消費税額の2割に抑えられる特例です。仕入れの記録を細かく集計しなくても計算できるため、事務負担も軽くなります。ただし適用できる期間には期限があるため、いつまで使えるのかは必ず確認してください。

簡易課税制度

基準期間の課税売上高が5,000万円以下の場合、業種ごとに定められたみなし仕入率を使って納付税額を計算できる制度です。実際の仕入れを集計する必要がないため、経費の少ない業種では有利になることがあります。事前の届出が必要です。

少額特例

一定規模以下の事業者について、少額の取引であればインボイスの保存がなくても仕入税額控除を認める措置もあります。こちらも適用期間が限られています。

これらの特例は制度の移行を支えるためのもので、期限が定められています。適用要件や期間は変更される可能性があるため、判断の際は必ず国税庁の最新情報を確認するか、税理士に相談してください。

2026年10月には、この経過措置の一部が改正されました。インボイスを発行できない相手からの仕入れに適用される控除割合が、もともとの予定より緩やかなスケジュールに変わっています。詳しくは「2026年10月のインボイス制度改正、何が変わったか」にまとめています。

登録した場合に必要になること

適格請求書発行事業者になると、日々の実務でも対応が必要になります。

所得税の確定申告に加えて消費税の申告も必要になるため、事務作業は確実に増えます。会計ソフトの多くはインボイス対応の請求書発行や消費税申告書の作成に対応しているので、登録するなら早い段階で環境を整えておくと負担が軽くなります。

自分の場合の概算を見てみる

消費税の負担も含めて、事業全体のお金の流れを把握しておきましょう。

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主な出典

ここに挙げたのは主な参考資料であり、本文のすべての記述の根拠ではありません。制度や金額は改定されることがあります。最新の情報は、上記の公式ページでご確認ください。

確認日:2026年10月16日